畜禽粪便罐式高效好氧发酵设备中，水是不可缺少的元素。发酵过程中水分主要有溶解有机物，参与微生物的新陈代谢的作用；水分蒸发时带走热量，起调节发酵温度的作用。原料水分的多少，直接影响好氧堆肥化发酵反应速度的快慢，影响堆肥发酵的质量，甚至关系到好氧堆肥化发酵工艺过程的成败。
大量的研究实践结果表明，堆肥化发酵合适的含水率一般以极限水分的60%～65%为好，而合适的含水率则以45%～55%为好。因为发酵过程中CO2的生成速度、微生物的生长和对氧的要求均在含水率为45%～55%时佳。若水分超过70%，温度难于上升，分解速度明显降低。同时如果水分过多，使物质粒子之间充满水，有碍于通风，从而造成厌氧状态，不利于好氧微生物生长并产生H2S等恶臭气体。水分低于40%不能满足微生物生长需要，有机物难于分解。当然水分还与发酵槽的深度有关系，槽越深其要求的水分就应越低。因为过多的水分会导致密实和减少空气空隙，这样将阻碍适量空气向物料内的输送。其水份调节如下：
鲜畜禽粪便N吨含水率A%，要达到水份50%，应添加秸秆粉磷矿粉钾肥及菌剂等X吨（总含水B%）。按比例N：X湿重混合。混合物的固体含量为：固体干物质=(1—A%)N+(1—b%)X；水=A%N+B%X；因此,N吨鲜畜禽粪便供料中混合物的总量为N+X吨，混合物的水份含量为：（A%N+B%X）/(N+X)=0.50（定混合后含水率50%）；所以添加物的重量为：X=(A—50)N/(50—B)（吨）；总添加量X等于各添加物量之和即：X=X1+X2+X3+X4其中X1为秸秆粉用量。注：这里的添加物应考虑到酸碱度的调节，一般要加入一些碱性物质，如石灰粉。
水份检查：搅拌均匀之后的水份掌握在55%左右，手感以用力握一把物料指缝不向外渗水，落地即散为宜。水份过大延长升温时间，反之升温会快，但降温也快，腐熟不彻底。
畜禽粪便罐式高效好氧发酵设备的水分控制能够使得禽畜粪便污水在发酵过程中充分发酵和利用，保证发酵所得有利于循环使用。
